При наступлении одного из этих условий участник НИС (либо член семьи участника) имеет право:
1) на получение средств, учтённых на именном накопительном счёте участника (статья 10 Федерального закона). Выплата средств осуществляется организацией, в которой открыт именной накопительный счёт, то есть федеральным государственным учреждением «Федеральное управление накопительно-ипотечной системы жилищного обеспечения военнослужащих».
2) на получение средств, дополняющих накопления для жилищного обеспечения (статья 4 Федерального закона). Выплата осуществляется за счёт лимитов средств, выделяемых на жилищное обеспечение тем федеральным органам исполнительной власти, где военнослужащий проходил военную службу. Выплата денежных средств, производится военнослужащим-участникам НИС или членам их семей, не являющимся нанимателями жилых помещений по договорам социального найма или членами семьи нанимателя жилого помещения по договору социального найма либо собственниками жилых помещений или членами семьи собственника жилого помещения, за исключением жилых помещений, приобретённых с использованием целевых жилищных займов.
Выплата участнику НИС, имеющему право на использование накоплений, денежных средств с его именного накопительного счёта осуществляется в соответствии с Порядком использования накоплений для жилищного обеспечения, утверждённым постановлением Правительства Российской Федерации от 7 ноября 2005 г. № 655 «О порядке функционирования накопительно-ипотечной системы жилищного обеспечения военнослужащих».
При возникновении права на использование накоплений военнослужащим (либо членам семей погибших военнослужащих), производятся выплаты денежных средств, дополняющих накопления для жилищного обеспечения. Порядок и правила указанных выплат определены постановлением Правительства Российской Федерации от 17 ноября 2005 г. N 686 и (для военнослужащих Минобороны России) приказом Министра обороны Российской Федерации от 20 февраля 2006 г. № 77. Расчёт размера дополнительных выплат рассчитывается от даты исключения из списков личного состава воинской части до даты, когда общая продолжительность военной службы участника НИС могла бы составить 20 лет в календарном исчислении.
В случае получения Вами целевого жилищного займа и ипотечного кредита для приобретения жилья при увольнении с правом использования накоплений залог в пользу Российской Федерации с приобретённой квартиры будет снят, и задолженности перед Министерством обороны у Вас не будет. Залог в пользу кредитной организации может быть снят только после полного погашения кредита.
Таким образом, для Вас возможны следующие варианты Ваших действий, которые будут зависеть от наличия у Вас права на использование накоплений:
1) при наличии 10 лет выслуги в случае приобретения жилья с использованием ЦЖЗ и кредита:
а) переводиться (без увольнения) на другую должность, в том числе в другой федеральный орган исполнительной власти, в котором федеральным законом предусмотрена военная служба, и продолжать служить. Погашение кредита при этом будет осуществляться Федеральным управлением в течение Вашей службы.
б) увольняться в связи с организационно-штатными мероприятиями, при этом залог в пользу Российской Федерации с приобретённого жилья будет снят, и задолженности перед Министерством обороны не будет. Остаток задолженности перед банком погасить за счёт выплат, дополняющих накопления для жилищного обеспечения.
2) При отсутствии права на использование накоплений – только изыскать возможность продолжить службу до возникновения данного права. В противном случае необходимо возвращать всю сумму целевого жилищного займа (первоначальный взнос и ежемесячные платежи по кредиту) и самостоятельно решать с банком вопрос дальнейшего погашения ипотечного кредита (при этом будет изменена процентная ставка и увеличен размер ежемесячных платежей). В случае, если договорённость с кредитором не будет достигнута, квартира будет реализована в судебном порядке.

В ином случае придется платить:
1. ГОСУДАРСТВУ (в размере: накопления, которыми Вы воспользовались при покупке квартиры + сумма выплат за каждый месяц, которые платило за Вас государство в течение Вашей службы до момента исключения Вас из списков участников НИС). Здесь либо всю сумму сразу отдаете, либо рассчитают ту же ипотеку до 10 лет (могут на меньший срок рассчитать, опять же на Ваше усмотрение), под определенный процент естественно.
2. БАНКУ (Банк вправе пересмотреть кредитную ставку по ипотеке, что он, скорее всего, и сделает. Будете платить как по обычной ипотеке (гражданской). Тут все зависит от видов ипотечных программ, предлагаемых Банком).

В любом случае, все рассчитывается индивидуально, в зависимости ОТ ВАШЕЙ ПЛАТЕЖЕСПОСОБНОСТИ.

Статья 4. Реализация права на жилище участниками накопительно-ипотечной системы
1. Реализация права на жилище участниками накопительно-ипотечной системы осуществляется посредством:
1) формирования накоплений для жилищного обеспечения на именных накопительных счетах участников и последующего использования этих накоплений для приобретения жилья;
2) предоставления целевого жилищного займа;
3) выплаты по решению федерального органа исполнительной власти, в котором федеральным законом предусмотрена военная служба, за счет средств федерального бюджета, выделяемых соответствующему федеральному органу исполнительной власти, в размере и в порядке, которые устанавливаются Правительством Российской Федерации, денежных средств, дополняющих накопления для жилищного обеспечения, учтенные на именном накопительном счете участника, до расчетного размера денежных средств, которые мог бы накопить участник накопительно-ипотечной системы в период от даты предоставления таких средств до даты, когда общая продолжительность его военной службы в календарном исчислении (далее - общая продолжительность военной службы) могла бы составить двадцать лет (без учета дохода от инвестирования).
2. Выплата денежных средств, указанных в пункте 3 части 1 настоящей статьи, производится военнослужащим, участвовавшим в накопительно-ипотечной системе, или членам их семей, не являющимся нанимателями жилых помещений по договорам социального найма или членами семьи нанимателя жилого помещения по договору социального найма либо собственниками жилых помещений или членами семьи собственника жилого помещения, за исключением жилых помещений, приобретенных с использованием целевых жилищных займов в соответствии с настоящим Федеральным законом:
1) участникам накопительно-ипотечной системы, указанным в пункте 2 статьи 10 настоящего Федерального закона, при общей продолжительности военной службы от десяти до двадцати лет;
2) членам семей участников накопительно-ипотечной системы в случаях, предусмотренных частью 1 статьи 12 настоящего Федерального закона;
3) участникам накопительно-ипотечной системы, указанным в пункте 4 статьи 10 настоящего Федерального закона.
3. Выплаты денежных средств, указанных в пункте 3 части 1 настоящей статьи, производятся федеральными органами исполнительной власти, в которых федеральным законом предусмотрена военная служба, в трехмесячный срок начиная со дня поступления в соответствующий федеральный орган исполнительной власти заявления в письменной форме от участника накопительно-ипотечной системы или членов его семьи с просьбой о получении выплаты.

Статья 10. Возникновение права на использование накоплений, учтенных на именном накопительном счете участника
Основанием возникновения права на использование накоплений, учтенных на именном накопительном счете участника, в соответствии с настоящим Федеральным законом является:
1) общая продолжительность военной службы, в том числе в льготном исчислении, двадцать лет и более;
2) увольнение военнослужащего, общая продолжительность военной службы которого составляет десять лет и более:
а) по достижении предельного возраста пребывания на военной службе;
б) по состоянию здоровья - в связи с признанием его военно-врачебной комиссией ограниченно годным к военной службе;
в) в связи с организационно-штатными мероприятиями;
г) по семейным обстоятельствам, предусмотренным законодательством Российской Федерации о воинской обязанности и военной службе;
3) исключение участника накопительно-ипотечной системы из списков личного состава воинской части в связи с его гибелью или смертью, признанием его в установленном законом порядке безвестно отсутствующим или объявлением его умершим;
4) увольнение военнослужащего по состоянию здоровья - в связи с признанием его военно-врачебной комиссией не годным к военной службе.